밝고 착한 15살 소녀 마도카는 미래의 꿈을 고민하는 평범한 소녀.
어느 날, 차가운 눈빛의 신비한 전학생 호무라를 만난다.
그녀는 소중한 것들을 지키고 싶다면 변치 말고 그대로 있으라며 마도카를 협박하는데.
같은 날, "큐베"라는 정체불명의 생명체가 나타나
소녀의 영혼과 어떤 기적이든 가능한 한 가지 소원을 맞바꾸는 조건으로
마녀로부터 사람들을 구하는 마법소녀가 될 것을 권유한다.

망설이는 마도카보다 먼저 계약을 한 단짝 사야카.
그러나 자신의 소원에 오히려 배신당한 사야카는 자포자기의 심정으로 폭주하고.
큐베는 마도카가 우주의 법칙까지 바꿀만한 잠재력을 지녔다며
사야카도 다시 되돌릴 수 있다고 설득하지만 호무라는 끝까지 그녀의 계약을 막는다.
그리고 드러나는 마법소녀의 충.격.적 진실!